dpdata.formats package

Subpackages

• dpdata.formats.abacus package
  • Submodules
  • dpdata.formats.abacus.md module
    • get_coord_dump_freq()
    • get_coords_from_dump()
    • get_energy()
    • get_frame()
    • get_path_out()
  • dpdata.formats.abacus.relax module
    • get_coords_from_log()
    • get_frame()
    • get_log_file()
    • get_relax_stru_files()
  • dpdata.formats.abacus.scf module
    • CheckFile()
    • collect_force()
    • collect_stress()
    • get_energy()
    • get_force()
    • get_frame()
    • get_geometry_in()
    • get_mag_force()
    • get_path_out()
    • get_stress()
  • dpdata.formats.abacus.stru module
    • get_atom_mag_cartesian()
    • get_cartesian_coords()
    • get_frame_from_stru()
    • make_unlabeled_stru()
    • parse_atomic_species_block()
    • parse_lattice_constant_block()
    • parse_lattice_vectors_block()
    • parse_numerical_orbital_block()
    • parse_pos()
    • parse_pos_oneline()
    • right_hand_rule()
    • split_stru_block()
• dpdata.formats.amber package
  • Submodules
  • dpdata.formats.amber.mask module
    • load_param_file()
    • pick_by_amber_mask()
  • dpdata.formats.amber.md module
    • cell_lengths_angles_to_cell()
    • read_amber_traj()
  • dpdata.formats.amber.sqm module
    • make_sqm_in()
    • parse_sqm_out()
• dpdata.formats.cp2k package
  • Submodules
  • dpdata.formats.cp2k.cell module
    • cell_to_low_triangle()
  • dpdata.formats.cp2k.output module
    • Cp2kSystems
      • Cp2kSystems.get_log_block_generator()
      • Cp2kSystems.get_xyz_block_generator()
      • Cp2kSystems.handle_single_log_frame()
      • Cp2kSystems.handle_single_xyz_frame()
    • get_frames()
• dpdata.formats.deepmd package
  • Submodules
  • dpdata.formats.deepmd.comp module
    • dump()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.deepmd.hdf5 module
    • dump()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.deepmd.mixed module
    • dump()
    • mix_system()
    • split_system()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.deepmd.raw module
    • dump()
    • load_type()
    • to_system_data()
• dpdata.formats.dftbplus package
  • Submodules
  • dpdata.formats.dftbplus.output module
    • read_dftb_plus()
• dpdata.formats.fhi_aims package
  • Submodules
  • dpdata.formats.fhi_aims.output module
    • analyze_block()
    • get_fhi_aims_block()
    • get_frames()
    • get_info()
• dpdata.formats.gaussian package
  • Submodules
  • dpdata.formats.gaussian.fchk module
    • create_full_hessian()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.gaussian.gjf module
    • detect_multiplicity()
    • make_gaussian_input()
    • read_gaussian_input()
  • dpdata.formats.gaussian.log module
    • to_system_data()
• dpdata.formats.gromacs package
  • Submodules
  • dpdata.formats.gromacs.gro module
    • file_to_system_data()
    • from_system_data()
• dpdata.formats.lammps package
  • Submodules
  • dpdata.formats.lammps.dump module
    • UnwrapWarning
    • box2dumpbox()
    • dumpbox2box()
    • from_system_data()
    • get_atype()
    • get_coordtype_and_scalefactor()
    • get_dumpbox()
    • get_natoms()
    • get_natoms_vec()
    • get_natomtypes()
    • get_spin()
    • get_spin_keys()
    • load_file()
    • safe_get_posi()
    • split_traj()
    • system_data()
  • dpdata.formats.lammps.lmp module
    • box2lmpbox()
    • detect_atom_style()
    • from_system_data()
    • get_atoms()
    • get_atype()
    • get_charges()
    • get_lmpbox()
    • get_natoms()
    • get_natoms_vec()
    • get_natomtypes()
    • get_posi()
    • get_spins()
    • lmpbox2box()
    • rotate_to_lower_triangle()
    • system_data()
    • to_system_data()
• dpdata.formats.lmdb package
  • LMDBFormat
    • LMDBFormat.from_labeled_system()
    • LMDBFormat.from_multi_systems()
    • LMDBFormat.from_system()
    • LMDBFormat.to_labeled_system()
    • LMDBFormat.to_multi_systems()
    • LMDBFormat.to_system()
  • Submodules
  • dpdata.formats.lmdb.format module
    • LMDBError
    • LMDBFormat
      • LMDBFormat.from_labeled_system()
      • LMDBFormat.from_multi_systems()
      • LMDBFormat.from_system()
      • LMDBFormat.to_labeled_system()
      • LMDBFormat.to_multi_systems()
      • LMDBFormat.to_system()
    • LMDBFrameError
    • LMDBMetadataError
• dpdata.formats.openmx package
  • Submodules
  • dpdata.formats.openmx.omx module
    • load_atom()
    • load_cells()
    • load_coords()
    • load_data()
    • load_energy()
    • load_force()
    • load_param_file()
    • to_system_data()
    • to_system_label()
• dpdata.formats.orca package
  • Submodules
  • dpdata.formats.orca.output module
    • read_orca_sp_output()
• dpdata.formats.psi4 package
  • Submodules
  • dpdata.formats.psi4.input module
    • write_psi4_input()
  • dpdata.formats.psi4.output module
    • read_psi4_output()
• dpdata.formats.pwmat package
  • Submodules
  • dpdata.formats.pwmat.atomconfig module
    • from_system_data()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.pwmat.movement module
    • analyze_block()
    • get_frames()
    • get_movement_block()
    • system_info()
• dpdata.formats.pymatgen package
  • Submodules
  • dpdata.formats.pymatgen.molecule module
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.pymatgen.structure module
    • from_system_data()
• dpdata.formats.qe package
  • Submodules
  • dpdata.formats.qe.scf module
    • get_block()
    • get_cell()
    • get_coords()
    • get_energy()
    • get_force()
    • get_frame()
    • get_stress()
  • dpdata.formats.qe.traj module
    • convert_celldm()
    • load_atom_names()
    • load_atom_types()
    • load_block()
    • load_cell_parameters()
    • load_celldm()
    • load_data()
    • load_energy()
    • load_key()
    • load_param_file()
    • to_system_data()
    • to_system_label()
• dpdata.formats.rdkit package
  • Submodules
  • dpdata.formats.rdkit.sanitize module
    • SanitizeError
    • Sanitizer
      • Sanitizer.sanitize()
    • assign_formal_charge_for_atom()
    • contain_hetero_aromatic()
    • convert_by_obabel()
    • get_explicit_valence()
    • get_terminal_NR2s()
    • get_terminal_oxygens()
    • is_terminal_NR2()
    • is_terminal_nitrogen()
    • is_terminal_oxygen()
    • kekulize_aromatic_heterocycles()
    • mol_edit_log()
    • print_atoms()
    • print_bonds()
    • regularize_carbon_bond_order()
    • regularize_formal_charges()
    • regularize_nitrogen_bond_order()
    • sanitize_carboxyl()
    • sanitize_carboxyl_Catom()
    • sanitize_guanidine()
    • sanitize_guanidine_Catom()
    • sanitize_mol()
    • sanitize_nitrine_Natom()
    • sanitize_nitro()
    • sanitize_nitro_Natom()
    • sanitize_phosphate()
    • sanitize_phosphate_Patom()
    • sanitize_sulfate()
    • sanitize_sulfate_Satom()
    • super_sanitize_mol()
  • dpdata.formats.rdkit.utils module
    • check_molecule_list()
    • check_same_atom()
    • check_same_molecule()
    • combine_molecules()
    • mol_to_system_data()
    • system_data_to_mol()
• dpdata.formats.siesta package
  • Submodules
  • dpdata.formats.siesta.aiMD_output module
    • covert_dimension()
    • extract_keyword()
    • get_aiMD_frame()
    • get_atom_name()
    • get_atom_numbs()
    • get_atom_types()
    • get_single_line_tail()
    • get_virial()
    • obtain_nframe()
  • dpdata.formats.siesta.output module
    • extract_keyword()
    • get_atom_name()
    • get_atom_numbs()
    • get_atom_types()
    • get_single_line_tail()
    • get_virial()
    • obtain_frame()
• dpdata.formats.vasp package
  • Submodules
  • dpdata.formats.vasp.outcar module
    • analyze_block()
    • atom_name_from_potcar_string()
    • check_outputs()
    • get_frames()
    • get_outcar_block()
    • system_info()
  • dpdata.formats.vasp.poscar module
    • from_system_data()
    • to_system_data()
  • dpdata.formats.vasp.xml module
    • analyze()
    • analyze_atominfo()
    • analyze_calculation()
    • check_name()
    • formulate_config()
    • get_varray()
• dpdata.formats.xyz package
  • Submodules
  • dpdata.formats.xyz.quip_gap_xyz module
    • QuipGapxyzSystems
      • QuipGapxyzSystems.get_block_generator()
      • QuipGapxyzSystems.handle_single_xyz_frame()
    • format_single_frame()
  • dpdata.formats.xyz.xyz module
    • coord_to_xyz()
    • xyz_to_coord()