API documentation

• dpdata package
  • LabeledSystem
    • LabeledSystem.DTYPES
    • LabeledSystem.affine_map_fv()
    • LabeledSystem.correction()
    • LabeledSystem.from_3dmol()
    • LabeledSystem.from_abacus_lcao_md()
    • LabeledSystem.from_abacus_lcao_relax()
    • LabeledSystem.from_abacus_lcao_scf()
    • LabeledSystem.from_abacus_md()
    • LabeledSystem.from_abacus_pw_md()
    • LabeledSystem.from_abacus_pw_relax()
    • LabeledSystem.from_abacus_pw_scf()
    • LabeledSystem.from_abacus_relax()
    • LabeledSystem.from_abacus_scf()
    • LabeledSystem.from_abacus_stru()
    • LabeledSystem.from_amber_md()
    • LabeledSystem.from_ase_structure()
    • LabeledSystem.from_atomconfig()
    • LabeledSystem.from_contcar()
    • LabeledSystem.from_cp2k_aimd_output()
    • LabeledSystem.from_cp2k_output()
    • LabeledSystem.from_deepmd()
    • LabeledSystem.from_deepmd_comp()
    • LabeledSystem.from_deepmd_hdf5()
    • LabeledSystem.from_deepmd_npy()
    • LabeledSystem.from_deepmd_npy_mixed()
    • LabeledSystem.from_deepmd_raw()
    • LabeledSystem.from_dump()
    • LabeledSystem.from_fhi_aims_md()
    • LabeledSystem.from_fhi_aims_output()
    • LabeledSystem.from_fhi_aims_scf()
    • LabeledSystem.from_finalconfig()
    • LabeledSystem.from_fmt_obj()
    • LabeledSystem.from_gaussian_gjf()
    • LabeledSystem.from_gaussian_log()
    • LabeledSystem.from_gaussian_md()
    • LabeledSystem.from_gro()
    • LabeledSystem.from_gromacs_gro()
    • LabeledSystem.from_lammps_dump()
    • LabeledSystem.from_lammps_lmp()
    • LabeledSystem.from_list()
    • LabeledSystem.from_lmp()
    • LabeledSystem.from_mlmd()
    • LabeledSystem.from_mol()
    • LabeledSystem.from_mol_file()
    • LabeledSystem.from_movement()
    • LabeledSystem.from_outcar()
    • LabeledSystem.from_poscar()
    • LabeledSystem.from_psi4_out()
    • LabeledSystem.from_pwmat_atomconfig()
    • LabeledSystem.from_pwmat_finalconfig()
    • LabeledSystem.from_pwmat_mlmd()
    • LabeledSystem.from_pwmat_movement()
    • LabeledSystem.from_pwmat_output()
    • LabeledSystem.from_pymatgen_computedstructureentry()
    • LabeledSystem.from_pymatgen_molecule()
    • LabeledSystem.from_pymatgen_structure()
    • LabeledSystem.from_qe_cp_traj()
    • LabeledSystem.from_qe_pw_scf()
    • LabeledSystem.from_quip_gap_xyz()
    • LabeledSystem.from_quip_gap_xyz_file()
    • LabeledSystem.from_sdf()
    • LabeledSystem.from_sdf_file()
    • LabeledSystem.from_siesta_aiMD_output()
    • LabeledSystem.from_siesta_aimd_output()
    • LabeledSystem.from_siesta_output()
    • LabeledSystem.from_sqm_in()
    • LabeledSystem.from_sqm_out()
    • LabeledSystem.from_stru()
    • LabeledSystem.from_vasp_contcar()
    • LabeledSystem.from_vasp_outcar()
    • LabeledSystem.from_vasp_poscar()
    • LabeledSystem.from_vasp_string()
    • LabeledSystem.from_vasp_xml()
    • LabeledSystem.from_xml()
    • LabeledSystem.from_xyz()
    • LabeledSystem.has_virial()
    • LabeledSystem.post_funcs
    • LabeledSystem.remove_outlier()
    • LabeledSystem.rot_frame_lower_triangular()
    • LabeledSystem.to_3dmol()
    • LabeledSystem.to_abacus_lcao_md()
    • LabeledSystem.to_abacus_lcao_relax()
    • LabeledSystem.to_abacus_lcao_scf()
    • LabeledSystem.to_abacus_md()
    • LabeledSystem.to_abacus_pw_md()
    • LabeledSystem.to_abacus_pw_relax()
    • LabeledSystem.to_abacus_pw_scf()
    • LabeledSystem.to_abacus_relax()
    • LabeledSystem.to_abacus_scf()
    • LabeledSystem.to_abacus_stru()
    • LabeledSystem.to_amber_md()
    • LabeledSystem.to_ase_structure()
    • LabeledSystem.to_atomconfig()
    • LabeledSystem.to_contcar()
    • LabeledSystem.to_cp2k_aimd_output()
    • LabeledSystem.to_cp2k_output()
    • LabeledSystem.to_deepmd()
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    • LabeledSystem.to_deepmd_hdf5()
    • LabeledSystem.to_deepmd_npy()
    • LabeledSystem.to_deepmd_npy_mixed()
    • LabeledSystem.to_deepmd_raw()
    • LabeledSystem.to_dump()
    • LabeledSystem.to_fhi_aims_md()
    • LabeledSystem.to_fhi_aims_output()
    • LabeledSystem.to_fhi_aims_scf()
    • LabeledSystem.to_finalconfig()
    • LabeledSystem.to_fmt_obj()
    • LabeledSystem.to_gaussian_gjf()
    • LabeledSystem.to_gaussian_log()
    • LabeledSystem.to_gaussian_md()
    • LabeledSystem.to_gro()
    • LabeledSystem.to_gromacs_gro()
    • LabeledSystem.to_lammps_dump()
    • LabeledSystem.to_lammps_lmp()
    • LabeledSystem.to_list()
    • LabeledSystem.to_lmp()
    • LabeledSystem.to_mlmd()
    • LabeledSystem.to_mol()
    • LabeledSystem.to_mol_file()
    • LabeledSystem.to_movement()
    • LabeledSystem.to_outcar()
    • LabeledSystem.to_poscar()
    • LabeledSystem.to_psi4_out()
    • LabeledSystem.to_pwmat_atomconfig()
    • LabeledSystem.to_pwmat_finalconfig()
    • LabeledSystem.to_pwmat_mlmd()
    • LabeledSystem.to_pwmat_movement()
    • LabeledSystem.to_pwmat_output()
    • LabeledSystem.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
    • LabeledSystem.to_pymatgen_computedstructureentry()
    • LabeledSystem.to_pymatgen_molecule()
    • LabeledSystem.to_pymatgen_structure()
    • LabeledSystem.to_qe_cp_traj()
    • LabeledSystem.to_qe_pw_scf()
    • LabeledSystem.to_quip_gap_xyz()
    • LabeledSystem.to_quip_gap_xyz_file()
    • LabeledSystem.to_sdf()
    • LabeledSystem.to_sdf_file()
    • LabeledSystem.to_siesta_aimd_output()
    • LabeledSystem.to_siesta_output()
    • LabeledSystem.to_sqm_in()
    • LabeledSystem.to_sqm_out()
    • LabeledSystem.to_stru()
    • LabeledSystem.to_vasp_contcar()
    • LabeledSystem.to_vasp_outcar()
    • LabeledSystem.to_vasp_poscar()
    • LabeledSystem.to_vasp_string()
    • LabeledSystem.to_vasp_xml()
    • LabeledSystem.to_xml()
    • LabeledSystem.to_xyz()
  • MultiSystems
    • MultiSystems.append()
    • MultiSystems.check_atom_names()
    • MultiSystems.correction()
    • MultiSystems.from_3dmol()
    • MultiSystems.from_abacus_lcao_md()
    • MultiSystems.from_abacus_lcao_relax()
    • MultiSystems.from_abacus_lcao_scf()
    • MultiSystems.from_abacus_md()
    • MultiSystems.from_abacus_pw_md()
    • MultiSystems.from_abacus_pw_relax()
    • MultiSystems.from_abacus_pw_scf()
    • MultiSystems.from_abacus_relax()
    • MultiSystems.from_abacus_scf()
    • MultiSystems.from_abacus_stru()
    • MultiSystems.from_amber_md()
    • MultiSystems.from_ase_structure()
    • MultiSystems.from_atomconfig()
    • MultiSystems.from_contcar()
    • MultiSystems.from_cp2k_aimd_output()
    • MultiSystems.from_cp2k_output()
    • MultiSystems.from_deepmd()
    • MultiSystems.from_deepmd_comp()
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    • MultiSystems.from_deepmd_npy()
    • MultiSystems.from_deepmd_npy_mixed()
    • MultiSystems.from_deepmd_raw()
    • MultiSystems.from_dir()
    • MultiSystems.from_dump()
    • MultiSystems.from_fhi_aims_md()
    • MultiSystems.from_fhi_aims_output()
    • MultiSystems.from_fhi_aims_scf()
    • MultiSystems.from_file()
    • MultiSystems.from_finalconfig()
    • MultiSystems.from_fmt_obj()
    • MultiSystems.from_gaussian_gjf()
    • MultiSystems.from_gaussian_log()
    • MultiSystems.from_gaussian_md()
    • MultiSystems.from_gro()
    • MultiSystems.from_gromacs_gro()
    • MultiSystems.from_lammps_dump()
    • MultiSystems.from_lammps_lmp()
    • MultiSystems.from_list()
    • MultiSystems.from_lmp()
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    • MultiSystems.from_mol_file()
    • MultiSystems.from_movement()
    • MultiSystems.from_outcar()
    • MultiSystems.from_poscar()
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    • MultiSystems.from_pwmat_atomconfig()
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    • MultiSystems.from_pwmat_mlmd()
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    • MultiSystems.from_quip_gap_xyz()
    • MultiSystems.from_quip_gap_xyz_file()
    • MultiSystems.from_sdf()
    • MultiSystems.from_sdf_file()
    • MultiSystems.from_siesta_aiMD_output()
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    • MultiSystems.from_sqm_in()
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    • MultiSystems.from_stru()
    • MultiSystems.from_vasp_contcar()
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    • MultiSystems.from_vasp_poscar()
    • MultiSystems.from_vasp_string()
    • MultiSystems.from_vasp_xml()
    • MultiSystems.from_xml()
    • MultiSystems.from_xyz()
    • MultiSystems.get_nframes()
    • MultiSystems.load_systems_from_file()
    • MultiSystems.minimize()
    • MultiSystems.pick_atom_idx()
    • MultiSystems.predict()
    • MultiSystems.to()
    • MultiSystems.to_3dmol()
    • MultiSystems.to_abacus_lcao_md()
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    • MultiSystems.to_abacus_relax()
    • MultiSystems.to_abacus_scf()
    • MultiSystems.to_abacus_stru()
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    • MultiSystems.to_ase_structure()
    • MultiSystems.to_atomconfig()
    • MultiSystems.to_contcar()
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    • MultiSystems.to_cp2k_output()
    • MultiSystems.to_deepmd()
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    • MultiSystems.to_dump()
    • MultiSystems.to_fhi_aims_md()
    • MultiSystems.to_fhi_aims_output()
    • MultiSystems.to_fhi_aims_scf()
    • MultiSystems.to_finalconfig()
    • MultiSystems.to_fmt_obj()
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    • MultiSystems.to_gromacs_gro()
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    • MultiSystems.to_lammps_lmp()
    • MultiSystems.to_list()
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    • MultiSystems.to_poscar()
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    • MultiSystems.to_pwmat_mlmd()
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    • MultiSystems.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
    • MultiSystems.to_pymatgen_computedstructureentry()
    • MultiSystems.to_pymatgen_molecule()
    • MultiSystems.to_pymatgen_structure()
    • MultiSystems.to_qe_cp_traj()
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    • MultiSystems.to_quip_gap_xyz()
    • MultiSystems.to_quip_gap_xyz_file()
    • MultiSystems.to_sdf()
    • MultiSystems.to_sdf_file()
    • MultiSystems.to_siesta_aimd_output()
    • MultiSystems.to_siesta_output()
    • MultiSystems.to_sqm_in()
    • MultiSystems.to_sqm_out()
    • MultiSystems.to_stru()
    • MultiSystems.to_vasp_contcar()
    • MultiSystems.to_vasp_outcar()
    • MultiSystems.to_vasp_poscar()
    • MultiSystems.to_vasp_string()
    • MultiSystems.to_vasp_xml()
    • MultiSystems.to_xml()
    • MultiSystems.to_xyz()
    • MultiSystems.train_test_split()
  • System
    • System.DTYPES
    • System.add_atom_names()
    • System.affine_map()
    • System.append()
    • System.apply_pbc()
    • System.apply_type_map()
    • System.as_dict()
    • System.check_data()
    • System.check_type_map()
    • System.convert_to_mixed_type()
    • System.copy()
    • System.dump()
    • System.extend()
    • System.formula
    • System.from_3dmol()
    • System.from_abacus_lcao_md()
    • System.from_abacus_lcao_relax()
    • System.from_abacus_lcao_scf()
    • System.from_abacus_md()
    • System.from_abacus_pw_md()
    • System.from_abacus_pw_relax()
    • System.from_abacus_pw_scf()
    • System.from_abacus_relax()
    • System.from_abacus_scf()
    • System.from_abacus_stru()
    • System.from_amber_md()
    • System.from_ase_structure()
    • System.from_atomconfig()
    • System.from_contcar()
    • System.from_cp2k_aimd_output()
    • System.from_cp2k_output()
    • System.from_deepmd()
    • System.from_deepmd_comp()
    • System.from_deepmd_hdf5()
    • System.from_deepmd_npy()
    • System.from_deepmd_npy_mixed()
    • System.from_deepmd_raw()
    • System.from_dump()
    • System.from_fhi_aims_md()
    • System.from_fhi_aims_output()
    • System.from_fhi_aims_scf()
    • System.from_finalconfig()
    • System.from_fmt()
    • System.from_fmt_obj()
    • System.from_gaussian_gjf()
    • System.from_gaussian_log()
    • System.from_gaussian_md()
    • System.from_gro()
    • System.from_gromacs_gro()
    • System.from_lammps_dump()
    • System.from_lammps_lmp()
    • System.from_list()
    • System.from_lmp()
    • System.from_mlmd()
    • System.from_mol()
    • System.from_mol_file()
    • System.from_movement()
    • System.from_outcar()
    • System.from_poscar()
    • System.from_psi4_out()
    • System.from_pwmat_atomconfig()
    • System.from_pwmat_finalconfig()
    • System.from_pwmat_mlmd()
    • System.from_pwmat_movement()
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    • System.from_pymatgen_computedstructureentry()
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    • System.from_quip_gap_xyz()
    • System.from_quip_gap_xyz_file()
    • System.from_sdf()
    • System.from_sdf_file()
    • System.from_siesta_aiMD_output()
    • System.from_siesta_aimd_output()
    • System.from_siesta_output()
    • System.from_sqm_in()
    • System.from_sqm_out()
    • System.from_stru()
    • System.from_vasp_contcar()
    • System.from_vasp_outcar()
    • System.from_vasp_poscar()
    • System.from_vasp_string()
    • System.from_vasp_xml()
    • System.from_xml()
    • System.from_xyz()
    • System.get_atom_names()
    • System.get_atom_numbs()
    • System.get_atom_types()
    • System.get_natoms()
    • System.get_nframes()
    • System.get_ntypes()
    • System.load()
    • System.map_atom_types()
    • System.minimize()
    • System.nopbc
    • System.perturb()
    • System.pick_atom_idx()
    • System.pick_by_amber_mask()
    • System.post_funcs
    • System.predict()
    • System.remove_atom_names()
    • System.remove_pbc()
    • System.replace()
    • System.replicate()
    • System.rot_frame_lower_triangular()
    • System.rot_lower_triangular()
    • System.shuffle()
    • System.sort_atom_names()
    • System.sort_atom_types()
    • System.sub_system()
    • System.to()
    • System.to_3dmol()
    • System.to_abacus_lcao_md()
    • System.to_abacus_lcao_relax()
    • System.to_abacus_lcao_scf()
    • System.to_abacus_md()
    • System.to_abacus_pw_md()
    • System.to_abacus_pw_relax()
    • System.to_abacus_pw_scf()
    • System.to_abacus_relax()
    • System.to_abacus_scf()
    • System.to_abacus_stru()
    • System.to_amber_md()
    • System.to_ase_structure()
    • System.to_atomconfig()
    • System.to_contcar()
    • System.to_cp2k_aimd_output()
    • System.to_cp2k_output()
    • System.to_deepmd()
    • System.to_deepmd_comp()
    • System.to_deepmd_hdf5()
    • System.to_deepmd_npy()
    • System.to_deepmd_npy_mixed()
    • System.to_deepmd_raw()
    • System.to_dump()
    • System.to_fhi_aims_md()
    • System.to_fhi_aims_output()
    • System.to_fhi_aims_scf()
    • System.to_finalconfig()
    • System.to_fmt_obj()
    • System.to_gaussian_gjf()
    • System.to_gaussian_log()
    • System.to_gaussian_md()
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    • System.to_gromacs_gro()
    • System.to_lammps_dump()
    • System.to_lammps_lmp()
    • System.to_list()
    • System.to_lmp()
    • System.to_mlmd()
    • System.to_mol()
    • System.to_mol_file()
    • System.to_movement()
    • System.to_outcar()
    • System.to_poscar()
    • System.to_psi4_out()
    • System.to_pwmat_atomconfig()
    • System.to_pwmat_finalconfig()
    • System.to_pwmat_mlmd()
    • System.to_pwmat_movement()
    • System.to_pwmat_output()
    • System.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
    • System.to_pymatgen_computedstructureentry()
    • System.to_pymatgen_molecule()
    • System.to_pymatgen_structure()
    • System.to_qe_cp_traj()
    • System.to_qe_pw_scf()
    • System.to_quip_gap_xyz()
    • System.to_quip_gap_xyz_file()
    • System.to_sdf()
    • System.to_sdf_file()
    • System.to_siesta_aimd_output()
    • System.to_siesta_output()
    • System.to_sqm_in()
    • System.to_sqm_out()
    • System.to_stru()
    • System.to_vasp_contcar()
    • System.to_vasp_outcar()
    • System.to_vasp_poscar()
    • System.to_vasp_string()
    • System.to_vasp_xml()
    • System.to_xml()
    • System.to_xyz()
    • System.uniq_formula
  • Subpackages
    • dpdata.abacus package
      • Submodules
      • dpdata.abacus.md module
      • dpdata.abacus.relax module
      • dpdata.abacus.scf module
    • dpdata.amber package
      • Submodules
      • dpdata.amber.mask module
      • dpdata.amber.md module
      • dpdata.amber.sqm module
    • dpdata.cp2k package
      • Submodules
      • dpdata.cp2k.cell module
      • dpdata.cp2k.output module
    • dpdata.deepmd package
      • Submodules
      • dpdata.deepmd.comp module
      • dpdata.deepmd.hdf5 module
      • dpdata.deepmd.mixed module
      • dpdata.deepmd.raw module
    • dpdata.fhi_aims package
      • Submodules
      • dpdata.fhi_aims.output module
    • dpdata.gaussian package
      • Submodules
      • dpdata.gaussian.gjf module
      • dpdata.gaussian.log module
    • dpdata.gromacs package
      • Submodules
      • dpdata.gromacs.gro module
    • dpdata.lammps package
      • Submodules
      • dpdata.lammps.dump module
      • dpdata.lammps.lmp module
    • dpdata.plugins package
      • Submodules
      • dpdata.plugins.3dmol module
      • dpdata.plugins.abacus module
      • dpdata.plugins.amber module
      • dpdata.plugins.ase module
      • dpdata.plugins.cp2k module
      • dpdata.plugins.deepmd module
      • dpdata.plugins.dftbplus module
      • dpdata.plugins.fhi_aims module
      • dpdata.plugins.gaussian module
      • dpdata.plugins.gromacs module
      • dpdata.plugins.lammps module
      • dpdata.plugins.list module
      • dpdata.plugins.psi4 module
      • dpdata.plugins.pwmat module
      • dpdata.plugins.pymatgen module
      • dpdata.plugins.qe module
      • dpdata.plugins.rdkit module
      • dpdata.plugins.siesta module
      • dpdata.plugins.vasp module
      • dpdata.plugins.xyz module
    • dpdata.psi4 package
      • Submodules
      • dpdata.psi4.output module
    • dpdata.pwmat package
      • Submodules
      • dpdata.pwmat.atomconfig module
      • dpdata.pwmat.movement module
    • dpdata.pymatgen package
      • Submodules
      • dpdata.pymatgen.molecule module
    • dpdata.qe package
      • Submodules
      • dpdata.qe.scf module
      • dpdata.qe.traj module
    • dpdata.rdkit package
      • Submodules
      • dpdata.rdkit.sanitize module
      • dpdata.rdkit.utils module
    • dpdata.siesta package
      • Submodules
      • dpdata.siesta.aiMD_output module
      • dpdata.siesta.output module
    • dpdata.vasp package
      • Submodules
      • dpdata.vasp.outcar module
      • dpdata.vasp.poscar module
      • dpdata.vasp.xml module
    • dpdata.xyz package
      • Submodules
      • dpdata.xyz.quip_gap_xyz module
      • dpdata.xyz.xyz module
  • Submodules
  • dpdata.ase_calculator module
  • dpdata.bond_order_system module
  • dpdata.cli module
    • convert()
    • dpdata_cli()
    • dpdata_parser()
  • dpdata.driver module
    • Driver
      • Driver.ase_calculator
      • Driver.get_driver()
      • Driver.get_drivers()
      • Driver.label()
      • Driver.register()
    • HybridDriver
      • HybridDriver.label()
    • Minimizer
      • Minimizer.get_minimizer()
      • Minimizer.get_minimizers()
      • Minimizer.minimize()
      • Minimizer.register()
  • dpdata.format module
    • Format
      • Format.MultiMode
      • Format.MultiModes
      • Format.from_bond_order_system()
      • Format.from_labeled_system()
      • Format.from_multi_systems()
      • Format.from_system()
      • Format.get_formats()
      • Format.get_from_methods()
      • Format.get_to_methods()
      • Format.mix_system()
      • Format.post()
      • Format.register()
      • Format.register_from()
      • Format.register_to()
      • Format.to_bond_order_system()
      • Format.to_labeled_system()
      • Format.to_multi_systems()
      • Format.to_system()
  • dpdata.periodic_table module
    • Element
      • Element.X
      • Element.Z
      • Element.calculated_radius
      • Element.from_Z()
      • Element.mass
      • Element.name
      • Element.radius
  • dpdata.plugin module
    • Plugin
      • Plugin.get_plugin()
      • Plugin.register()
  • dpdata.stat module
    • Errors
      • Errors.SYSTEM_TYPE
      • Errors.e_errors
      • Errors.f_errors
    • ErrorsBase
      • ErrorsBase.SYSTEM_TYPE
      • ErrorsBase.e_errors
      • ErrorsBase.e_mae
      • ErrorsBase.e_rmse
      • ErrorsBase.f_errors
      • ErrorsBase.f_mae
      • ErrorsBase.f_rmse
    • MultiErrors
      • MultiErrors.SYSTEM_TYPE
      • MultiErrors.e_errors
      • MultiErrors.f_errors
    • mae()
    • rmse()
  • dpdata.system module
    • Axis
      • Axis.NATOMS
      • Axis.NBONDS
      • Axis.NFRAMES
      • Axis.NTYPES
    • DataError
    • DataType
      • DataType.check()
      • DataType.real_shape()
    • LabeledSystem
      • LabeledSystem.DTYPES
      • LabeledSystem.affine_map_fv()
      • LabeledSystem.correction()
      • LabeledSystem.from_3dmol()
      • LabeledSystem.from_abacus_lcao_md()
      • LabeledSystem.from_abacus_lcao_relax()
      • LabeledSystem.from_abacus_lcao_scf()
      • LabeledSystem.from_abacus_md()
      • LabeledSystem.from_abacus_pw_md()
      • LabeledSystem.from_abacus_pw_relax()
      • LabeledSystem.from_abacus_pw_scf()
      • LabeledSystem.from_abacus_relax()
      • LabeledSystem.from_abacus_scf()
      • LabeledSystem.from_abacus_stru()
      • LabeledSystem.from_amber_md()
      • LabeledSystem.from_ase_structure()
      • LabeledSystem.from_atomconfig()
      • LabeledSystem.from_contcar()
      • LabeledSystem.from_cp2k_aimd_output()
      • LabeledSystem.from_cp2k_output()
      • LabeledSystem.from_deepmd()
      • LabeledSystem.from_deepmd_comp()
      • LabeledSystem.from_deepmd_hdf5()
      • LabeledSystem.from_deepmd_npy()
      • LabeledSystem.from_deepmd_npy_mixed()
      • LabeledSystem.from_deepmd_raw()
      • LabeledSystem.from_dump()
      • LabeledSystem.from_fhi_aims_md()
      • LabeledSystem.from_fhi_aims_output()
      • LabeledSystem.from_fhi_aims_scf()
      • LabeledSystem.from_finalconfig()
      • LabeledSystem.from_fmt_obj()
      • LabeledSystem.from_gaussian_gjf()
      • LabeledSystem.from_gaussian_log()
      • LabeledSystem.from_gaussian_md()
      • LabeledSystem.from_gro()
      • LabeledSystem.from_gromacs_gro()
      • LabeledSystem.from_lammps_dump()
      • LabeledSystem.from_lammps_lmp()
      • LabeledSystem.from_list()
      • LabeledSystem.from_lmp()
      • LabeledSystem.from_mlmd()
      • LabeledSystem.from_mol()
      • LabeledSystem.from_mol_file()
      • LabeledSystem.from_movement()
      • LabeledSystem.from_outcar()
      • LabeledSystem.from_poscar()
      • LabeledSystem.from_psi4_out()
      • LabeledSystem.from_pwmat_atomconfig()
      • LabeledSystem.from_pwmat_finalconfig()
      • LabeledSystem.from_pwmat_mlmd()
      • LabeledSystem.from_pwmat_movement()
      • LabeledSystem.from_pwmat_output()
      • LabeledSystem.from_pymatgen_computedstructureentry()
      • LabeledSystem.from_pymatgen_molecule()
      • LabeledSystem.from_pymatgen_structure()
      • LabeledSystem.from_qe_cp_traj()
      • LabeledSystem.from_qe_pw_scf()
      • LabeledSystem.from_quip_gap_xyz()
      • LabeledSystem.from_quip_gap_xyz_file()
      • LabeledSystem.from_sdf()
      • LabeledSystem.from_sdf_file()
      • LabeledSystem.from_siesta_aiMD_output()
      • LabeledSystem.from_siesta_aimd_output()
      • LabeledSystem.from_siesta_output()
      • LabeledSystem.from_sqm_in()
      • LabeledSystem.from_sqm_out()
      • LabeledSystem.from_stru()
      • LabeledSystem.from_vasp_contcar()
      • LabeledSystem.from_vasp_outcar()
      • LabeledSystem.from_vasp_poscar()
      • LabeledSystem.from_vasp_string()
      • LabeledSystem.from_vasp_xml()
      • LabeledSystem.from_xml()
      • LabeledSystem.from_xyz()
      • LabeledSystem.has_virial()
      • LabeledSystem.post_funcs
      • LabeledSystem.remove_outlier()
      • LabeledSystem.rot_frame_lower_triangular()
      • LabeledSystem.to_3dmol()
      • LabeledSystem.to_abacus_lcao_md()
      • LabeledSystem.to_abacus_lcao_relax()
      • LabeledSystem.to_abacus_lcao_scf()
      • LabeledSystem.to_abacus_md()
      • LabeledSystem.to_abacus_pw_md()
      • LabeledSystem.to_abacus_pw_relax()
      • LabeledSystem.to_abacus_pw_scf()
      • LabeledSystem.to_abacus_relax()
      • LabeledSystem.to_abacus_scf()
      • LabeledSystem.to_abacus_stru()
      • LabeledSystem.to_amber_md()
      • LabeledSystem.to_ase_structure()
      • LabeledSystem.to_atomconfig()
      • LabeledSystem.to_contcar()
      • LabeledSystem.to_cp2k_aimd_output()
      • LabeledSystem.to_cp2k_output()
      • LabeledSystem.to_deepmd()
      • LabeledSystem.to_deepmd_comp()
      • LabeledSystem.to_deepmd_hdf5()
      • LabeledSystem.to_deepmd_npy()
      • LabeledSystem.to_deepmd_npy_mixed()
      • LabeledSystem.to_deepmd_raw()
      • LabeledSystem.to_dump()
      • LabeledSystem.to_fhi_aims_md()
      • LabeledSystem.to_fhi_aims_output()
      • LabeledSystem.to_fhi_aims_scf()
      • LabeledSystem.to_finalconfig()
      • LabeledSystem.to_fmt_obj()
      • LabeledSystem.to_gaussian_gjf()
      • LabeledSystem.to_gaussian_log()
      • LabeledSystem.to_gaussian_md()
      • LabeledSystem.to_gro()
      • LabeledSystem.to_gromacs_gro()
      • LabeledSystem.to_lammps_dump()
      • LabeledSystem.to_lammps_lmp()
      • LabeledSystem.to_list()
      • LabeledSystem.to_lmp()
      • LabeledSystem.to_mlmd()
      • LabeledSystem.to_mol()
      • LabeledSystem.to_mol_file()
      • LabeledSystem.to_movement()
      • LabeledSystem.to_outcar()
      • LabeledSystem.to_poscar()
      • LabeledSystem.to_psi4_out()
      • LabeledSystem.to_pwmat_atomconfig()
      • LabeledSystem.to_pwmat_finalconfig()
      • LabeledSystem.to_pwmat_mlmd()
      • LabeledSystem.to_pwmat_movement()
      • LabeledSystem.to_pwmat_output()
      • LabeledSystem.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
      • LabeledSystem.to_pymatgen_computedstructureentry()
      • LabeledSystem.to_pymatgen_molecule()
      • LabeledSystem.to_pymatgen_structure()
      • LabeledSystem.to_qe_cp_traj()
      • LabeledSystem.to_qe_pw_scf()
      • LabeledSystem.to_quip_gap_xyz()
      • LabeledSystem.to_quip_gap_xyz_file()
      • LabeledSystem.to_sdf()
      • LabeledSystem.to_sdf_file()
      • LabeledSystem.to_siesta_aimd_output()
      • LabeledSystem.to_siesta_output()
      • LabeledSystem.to_sqm_in()
      • LabeledSystem.to_sqm_out()
      • LabeledSystem.to_stru()
      • LabeledSystem.to_vasp_contcar()
      • LabeledSystem.to_vasp_outcar()
      • LabeledSystem.to_vasp_poscar()
      • LabeledSystem.to_vasp_string()
      • LabeledSystem.to_vasp_xml()
      • LabeledSystem.to_xml()
      • LabeledSystem.to_xyz()
    • MultiSystems
      • MultiSystems.append()
      • MultiSystems.check_atom_names()
      • MultiSystems.correction()
      • MultiSystems.from_3dmol()
      • MultiSystems.from_abacus_lcao_md()
      • MultiSystems.from_abacus_lcao_relax()
      • MultiSystems.from_abacus_lcao_scf()
      • MultiSystems.from_abacus_md()
      • MultiSystems.from_abacus_pw_md()
      • MultiSystems.from_abacus_pw_relax()
      • MultiSystems.from_abacus_pw_scf()
      • MultiSystems.from_abacus_relax()
      • MultiSystems.from_abacus_scf()
      • MultiSystems.from_abacus_stru()
      • MultiSystems.from_amber_md()
      • MultiSystems.from_ase_structure()
      • MultiSystems.from_atomconfig()
      • MultiSystems.from_contcar()
      • MultiSystems.from_cp2k_aimd_output()
      • MultiSystems.from_cp2k_output()
      • MultiSystems.from_deepmd()
      • MultiSystems.from_deepmd_comp()
      • MultiSystems.from_deepmd_hdf5()
      • MultiSystems.from_deepmd_npy()
      • MultiSystems.from_deepmd_npy_mixed()
      • MultiSystems.from_deepmd_raw()
      • MultiSystems.from_dir()
      • MultiSystems.from_dump()
      • MultiSystems.from_fhi_aims_md()
      • MultiSystems.from_fhi_aims_output()
      • MultiSystems.from_fhi_aims_scf()
      • MultiSystems.from_file()
      • MultiSystems.from_finalconfig()
      • MultiSystems.from_fmt_obj()
      • MultiSystems.from_gaussian_gjf()
      • MultiSystems.from_gaussian_log()
      • MultiSystems.from_gaussian_md()
      • MultiSystems.from_gro()
      • MultiSystems.from_gromacs_gro()
      • MultiSystems.from_lammps_dump()
      • MultiSystems.from_lammps_lmp()
      • MultiSystems.from_list()
      • MultiSystems.from_lmp()
      • MultiSystems.from_mlmd()
      • MultiSystems.from_mol()
      • MultiSystems.from_mol_file()
      • MultiSystems.from_movement()
      • MultiSystems.from_outcar()
      • MultiSystems.from_poscar()
      • MultiSystems.from_psi4_out()
      • MultiSystems.from_pwmat_atomconfig()
      • MultiSystems.from_pwmat_finalconfig()
      • MultiSystems.from_pwmat_mlmd()
      • MultiSystems.from_pwmat_movement()
      • MultiSystems.from_pwmat_output()
      • MultiSystems.from_pymatgen_computedstructureentry()
      • MultiSystems.from_pymatgen_molecule()
      • MultiSystems.from_pymatgen_structure()
      • MultiSystems.from_qe_cp_traj()
      • MultiSystems.from_qe_pw_scf()
      • MultiSystems.from_quip_gap_xyz()
      • MultiSystems.from_quip_gap_xyz_file()
      • MultiSystems.from_sdf()
      • MultiSystems.from_sdf_file()
      • MultiSystems.from_siesta_aiMD_output()
      • MultiSystems.from_siesta_aimd_output()
      • MultiSystems.from_siesta_output()
      • MultiSystems.from_sqm_in()
      • MultiSystems.from_sqm_out()
      • MultiSystems.from_stru()
      • MultiSystems.from_vasp_contcar()
      • MultiSystems.from_vasp_outcar()
      • MultiSystems.from_vasp_poscar()
      • MultiSystems.from_vasp_string()
      • MultiSystems.from_vasp_xml()
      • MultiSystems.from_xml()
      • MultiSystems.from_xyz()
      • MultiSystems.get_nframes()
      • MultiSystems.load_systems_from_file()
      • MultiSystems.minimize()
      • MultiSystems.pick_atom_idx()
      • MultiSystems.predict()
      • MultiSystems.to()
      • MultiSystems.to_3dmol()
      • MultiSystems.to_abacus_lcao_md()
      • MultiSystems.to_abacus_lcao_relax()
      • MultiSystems.to_abacus_lcao_scf()
      • MultiSystems.to_abacus_md()
      • MultiSystems.to_abacus_pw_md()
      • MultiSystems.to_abacus_pw_relax()
      • MultiSystems.to_abacus_pw_scf()
      • MultiSystems.to_abacus_relax()
      • MultiSystems.to_abacus_scf()
      • MultiSystems.to_abacus_stru()
      • MultiSystems.to_amber_md()
      • MultiSystems.to_ase_structure()
      • MultiSystems.to_atomconfig()
      • MultiSystems.to_contcar()
      • MultiSystems.to_cp2k_aimd_output()
      • MultiSystems.to_cp2k_output()
      • MultiSystems.to_deepmd()
      • MultiSystems.to_deepmd_comp()
      • MultiSystems.to_deepmd_hdf5()
      • MultiSystems.to_deepmd_npy()
      • MultiSystems.to_deepmd_npy_mixed()
      • MultiSystems.to_deepmd_raw()
      • MultiSystems.to_dump()
      • MultiSystems.to_fhi_aims_md()
      • MultiSystems.to_fhi_aims_output()
      • MultiSystems.to_fhi_aims_scf()
      • MultiSystems.to_finalconfig()
      • MultiSystems.to_fmt_obj()
      • MultiSystems.to_gaussian_gjf()
      • MultiSystems.to_gaussian_log()
      • MultiSystems.to_gaussian_md()
      • MultiSystems.to_gro()
      • MultiSystems.to_gromacs_gro()
      • MultiSystems.to_lammps_dump()
      • MultiSystems.to_lammps_lmp()
      • MultiSystems.to_list()
      • MultiSystems.to_lmp()
      • MultiSystems.to_mlmd()
      • MultiSystems.to_mol()
      • MultiSystems.to_mol_file()
      • MultiSystems.to_movement()
      • MultiSystems.to_outcar()
      • MultiSystems.to_poscar()
      • MultiSystems.to_psi4_out()
      • MultiSystems.to_pwmat_atomconfig()
      • MultiSystems.to_pwmat_finalconfig()
      • MultiSystems.to_pwmat_mlmd()
      • MultiSystems.to_pwmat_movement()
      • MultiSystems.to_pwmat_output()
      • MultiSystems.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
      • MultiSystems.to_pymatgen_computedstructureentry()
      • MultiSystems.to_pymatgen_molecule()
      • MultiSystems.to_pymatgen_structure()
      • MultiSystems.to_qe_cp_traj()
      • MultiSystems.to_qe_pw_scf()
      • MultiSystems.to_quip_gap_xyz()
      • MultiSystems.to_quip_gap_xyz_file()
      • MultiSystems.to_sdf()
      • MultiSystems.to_sdf_file()
      • MultiSystems.to_siesta_aimd_output()
      • MultiSystems.to_siesta_output()
      • MultiSystems.to_sqm_in()
      • MultiSystems.to_sqm_out()
      • MultiSystems.to_stru()
      • MultiSystems.to_vasp_contcar()
      • MultiSystems.to_vasp_outcar()
      • MultiSystems.to_vasp_poscar()
      • MultiSystems.to_vasp_string()
      • MultiSystems.to_vasp_xml()
      • MultiSystems.to_xml()
      • MultiSystems.to_xyz()
      • MultiSystems.train_test_split()
    • System
      • System.DTYPES
      • System.add_atom_names()
      • System.affine_map()
      • System.append()
      • System.apply_pbc()
      • System.apply_type_map()
      • System.as_dict()
      • System.check_data()
      • System.check_type_map()
      • System.convert_to_mixed_type()
      • System.copy()
      • System.dump()
      • System.extend()
      • System.formula
      • System.from_3dmol()
      • System.from_abacus_lcao_md()
      • System.from_abacus_lcao_relax()
      • System.from_abacus_lcao_scf()
      • System.from_abacus_md()
      • System.from_abacus_pw_md()
      • System.from_abacus_pw_relax()
      • System.from_abacus_pw_scf()
      • System.from_abacus_relax()
      • System.from_abacus_scf()
      • System.from_abacus_stru()
      • System.from_amber_md()
      • System.from_ase_structure()
      • System.from_atomconfig()
      • System.from_contcar()
      • System.from_cp2k_aimd_output()
      • System.from_cp2k_output()
      • System.from_deepmd()
      • System.from_deepmd_comp()
      • System.from_deepmd_hdf5()
      • System.from_deepmd_npy()
      • System.from_deepmd_npy_mixed()
      • System.from_deepmd_raw()
      • System.from_dump()
      • System.from_fhi_aims_md()
      • System.from_fhi_aims_output()
      • System.from_fhi_aims_scf()
      • System.from_finalconfig()
      • System.from_fmt()
      • System.from_fmt_obj()
      • System.from_gaussian_gjf()
      • System.from_gaussian_log()
      • System.from_gaussian_md()
      • System.from_gro()
      • System.from_gromacs_gro()
      • System.from_lammps_dump()
      • System.from_lammps_lmp()
      • System.from_list()
      • System.from_lmp()
      • System.from_mlmd()
      • System.from_mol()
      • System.from_mol_file()
      • System.from_movement()
      • System.from_outcar()
      • System.from_poscar()
      • System.from_psi4_out()
      • System.from_pwmat_atomconfig()
      • System.from_pwmat_finalconfig()
      • System.from_pwmat_mlmd()
      • System.from_pwmat_movement()
      • System.from_pwmat_output()
      • System.from_pymatgen_computedstructureentry()
      • System.from_pymatgen_molecule()
      • System.from_pymatgen_structure()
      • System.from_qe_cp_traj()
      • System.from_qe_pw_scf()
      • System.from_quip_gap_xyz()
      • System.from_quip_gap_xyz_file()
      • System.from_sdf()
      • System.from_sdf_file()
      • System.from_siesta_aiMD_output()
      • System.from_siesta_aimd_output()
      • System.from_siesta_output()
      • System.from_sqm_in()
      • System.from_sqm_out()
      • System.from_stru()
      • System.from_vasp_contcar()
      • System.from_vasp_outcar()
      • System.from_vasp_poscar()
      • System.from_vasp_string()
      • System.from_vasp_xml()
      • System.from_xml()
      • System.from_xyz()
      • System.get_atom_names()
      • System.get_atom_numbs()
      • System.get_atom_types()
      • System.get_natoms()
      • System.get_nframes()
      • System.get_ntypes()
      • System.load()
      • System.map_atom_types()
      • System.minimize()
      • System.nopbc
      • System.perturb()
      • System.pick_atom_idx()
      • System.pick_by_amber_mask()
      • System.post_funcs
      • System.predict()
      • System.remove_atom_names()
      • System.remove_pbc()
      • System.replace()
      • System.replicate()
      • System.rot_frame_lower_triangular()
      • System.rot_lower_triangular()
      • System.shuffle()
      • System.sort_atom_names()
      • System.sort_atom_types()
      • System.sub_system()
      • System.to()
      • System.to_3dmol()
      • System.to_abacus_lcao_md()
      • System.to_abacus_lcao_relax()
      • System.to_abacus_lcao_scf()
      • System.to_abacus_md()
      • System.to_abacus_pw_md()
      • System.to_abacus_pw_relax()
      • System.to_abacus_pw_scf()
      • System.to_abacus_relax()
      • System.to_abacus_scf()
      • System.to_abacus_stru()
      • System.to_amber_md()
      • System.to_ase_structure()
      • System.to_atomconfig()
      • System.to_contcar()
      • System.to_cp2k_aimd_output()
      • System.to_cp2k_output()
      • System.to_deepmd()
      • System.to_deepmd_comp()
      • System.to_deepmd_hdf5()
      • System.to_deepmd_npy()
      • System.to_deepmd_npy_mixed()
      • System.to_deepmd_raw()
      • System.to_dump()
      • System.to_fhi_aims_md()
      • System.to_fhi_aims_output()
      • System.to_fhi_aims_scf()
      • System.to_finalconfig()
      • System.to_fmt_obj()
      • System.to_gaussian_gjf()
      • System.to_gaussian_log()
      • System.to_gaussian_md()
      • System.to_gro()
      • System.to_gromacs_gro()
      • System.to_lammps_dump()
      • System.to_lammps_lmp()
      • System.to_list()
      • System.to_lmp()
      • System.to_mlmd()
      • System.to_mol()
      • System.to_mol_file()
      • System.to_movement()
      • System.to_outcar()
      • System.to_poscar()
      • System.to_psi4_out()
      • System.to_pwmat_atomconfig()
      • System.to_pwmat_finalconfig()
      • System.to_pwmat_mlmd()
      • System.to_pwmat_movement()
      • System.to_pwmat_output()
      • System.to_pymatgen_ComputedStructureEntry()
      • System.to_pymatgen_computedstructureentry()
      • System.to_pymatgen_molecule()
      • System.to_pymatgen_structure()
      • System.to_qe_cp_traj()
      • System.to_qe_pw_scf()
      • System.to_quip_gap_xyz()
      • System.to_quip_gap_xyz_file()
      • System.to_sdf()
      • System.to_sdf_file()
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      • System.to_siesta_output()
      • System.to_sqm_in()
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      • System.to_vasp_contcar()
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      • System.to_vasp_poscar()
      • System.to_vasp_string()
      • System.to_vasp_xml()
      • System.to_xml()
      • System.to_xyz()
      • System.uniq_formula
    • add_format_methods()
    • get_atom_perturb_vector()
    • get_cell_perturb_matrix()
    • get_cls_name()
    • load_format()
  • dpdata.unit module
    • Conversion
      • Conversion.set_value()
      • Conversion.value()
    • EnergyConversion
    • ForceConversion
    • LengthConversion
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    • check_unit()
  • dpdata.utils module
    • add_atom_names()
    • elements_index_map()
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