Home
Blog
Tutorials
Docs
DeePMD-kit
DP-GEN
dpdata
DPDispatcher
Publications
GitHub
Home
Blog
Tutorials
Docs
Publications
GitHub
dpdata
master
Contents:
Supported Formats
API documentation
dpdata
»
Index
Edit on GitHub
Index
A
|
B
|
C
|
D
|
E
|
F
|
G
|
H
|
L
|
M
|
N
|
O
|
P
|
Q
|
R
|
S
|
T
|
U
|
V
|
X
|
Z
A
AbacusMDFormat (class in dpdata.plugins.abacus)
AbacusSCFFormat (class in dpdata.plugins.abacus)
add_atom_names() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.utils)
add_format_methods() (in module dpdata.system)
affine_map() (dpdata.system.System method)
affine_map_fv() (dpdata.system.LabeledSystem method)
AmberMDFormat (class in dpdata.plugins.amber)
analyze() (in module dpdata.vasp.xml)
analyze_atominfo() (in module dpdata.vasp.xml)
analyze_block() (in module dpdata.fhi_aims.output)
(in module dpdata.pwmat.movement)
(in module dpdata.vasp.outcar)
analyze_calculation() (in module dpdata.vasp.xml)
append() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
apply_pbc() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.md.pbc)
apply_type_map() (dpdata.system.System method)
as_dict() (dpdata.system.System method)
ASEStructureFormat (class in dpdata.plugins.ase)
B
box2dumpbox() (in module dpdata.lammps.dump)
box2lmpbox() (in module dpdata.lammps.lmp)
C
calculated_radius (dpdata.periodic_table.Element property)
cell_to_low_triangle() (in module dpdata.cp2k.cell)
check_atom_names() (dpdata.system.MultiSystems method)
check_LabeledSystem() (in module dpdata.system)
check_molecule_list() (in module dpdata.rdkit.utils)
check_name() (in module dpdata.vasp.xml)
check_same_atom() (in module dpdata.rdkit.utils)
check_same_molecule() (in module dpdata.rdkit.utils)
check_System() (in module dpdata.system)
check_type_map() (dpdata.system.System method)
check_unit() (in module dpdata.unit)
combine_molecules() (in module dpdata.rdkit.utils)
compute_bonds() (in module dpdata.md.water)
compute_bonds_ase() (in module dpdata.md.water)
compute_bonds_naive() (in module dpdata.md.water)
compute_rdf() (in module dpdata.md.rdf)
Conversion (class in dpdata.unit)
convert() (in module dpdata.cli)
convert_celldm() (in module dpdata.qe.traj)
copy() (dpdata.system.System method)
correction() (dpdata.system.LabeledSystem method)
covert_dimension() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
CP2KAIMDOutputFormat (class in dpdata.plugins.cp2k)
CP2KOutputFormat (class in dpdata.plugins.cp2k)
Cp2kSystems (class in dpdata.cp2k.output)
D
DeePMDCompFormat (class in dpdata.plugins.deepmd)
DeePMDHDF5Format (class in dpdata.plugins.deepmd)
DeePMDRawFormat (class in dpdata.plugins.deepmd)
dir_coord() (in module dpdata.md.pbc)
Directory (dpdata.format.Format.MultiModes attribute)
dpdata
module
dpdata.amber
module
dpdata.amber.mask
module
dpdata.amber.md
module
dpdata.amber.sqm
module
dpdata.cli
module
dpdata.cp2k
module
dpdata.cp2k.cell
module
dpdata.cp2k.output
module
dpdata.deepmd
module
dpdata.deepmd.comp
module
dpdata.deepmd.hdf5
module
dpdata.deepmd.raw
module
dpdata.fhi_aims
module
dpdata.fhi_aims.output
module
dpdata.format
module
dpdata.gaussian
module
dpdata.gaussian.log
module
dpdata.gromacs
module
dpdata.gromacs.gro
module
dpdata.lammps
module
dpdata.lammps.dump
module
dpdata.lammps.lmp
module
dpdata.md
module
dpdata.md.msd
module
dpdata.md.pbc
module
dpdata.md.rdf
module
dpdata.md.water
module
dpdata.periodic_table
module
dpdata.plugin
module
dpdata.plugins
module
dpdata.plugins.abacus
module
dpdata.plugins.amber
module
dpdata.plugins.ase
module
dpdata.plugins.cp2k
module
dpdata.plugins.deepmd
module
dpdata.plugins.fhi_aims
module
dpdata.plugins.gaussian
module
dpdata.plugins.gromacs
module
dpdata.plugins.lammps
module
dpdata.plugins.list
module
dpdata.plugins.pwmat
module
dpdata.plugins.pymatgen
module
dpdata.plugins.qe
module
dpdata.plugins.rdkit
module
dpdata.plugins.siesta
module
dpdata.plugins.vasp
module
dpdata.plugins.xyz
module
dpdata.pwmat
module
dpdata.pwmat.atomconfig
module
dpdata.pwmat.movement
module
dpdata.pymatgen
module
dpdata.pymatgen.molecule
module
dpdata.qe
module
dpdata.qe.scf
module
dpdata.qe.traj
module
dpdata.rdkit
module
dpdata.rdkit.utils
module
dpdata.siesta
module
dpdata.siesta.aiMD_output
module
dpdata.siesta.output
module
dpdata.system
module
dpdata.unit
module
dpdata.utils
module
dpdata.vasp
module
dpdata.vasp.outcar
module
dpdata.vasp.poscar
module
dpdata.vasp.xml
module
dpdata_cli() (in module dpdata.cli)
dump() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.deepmd.comp)
(in module dpdata.deepmd.hdf5)
(in module dpdata.deepmd.raw)
dumpbox2box() (in module dpdata.lammps.dump)
E
Element (class in dpdata.periodic_table)
elements_index_map() (in module dpdata.utils)
EnergyConversion (class in dpdata.unit)
extend() (dpdata.system.System method)
extract_keyword() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
F
FhiMDFormat (class in dpdata.plugins.fhi_aims)
FhiSCFFormat (class in dpdata.plugins.fhi_aims)
file_to_system_data() (in module dpdata.gromacs.gro)
find_ions() (in module dpdata.md.water)
ForceConversion (class in dpdata.unit)
Format (class in dpdata.format)
Format.MultiModes (class in dpdata.format)
formula (dpdata.system.System property)
formulate_config() (in module dpdata.vasp.xml)
from_abacus_lcao_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_abacus_lcao_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_abacus_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_abacus_pw_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_abacus_pw_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_abacus_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_amber_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_ase_structure() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_atomconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_bond_order_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.rdkit.MolFormat method)
(dpdata.plugins.rdkit.SdfFormat method)
from_contcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_cp2k_aimd_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_cp2k_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_deepmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_deepmd_comp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_deepmd_hdf5() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_deepmd_npy() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_deepmd_raw() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_dir() (dpdata.system.MultiSystems class method)
from_dump() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_fhi_aims_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_fhi_aims_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_fhi_aims_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_file() (dpdata.system.MultiSystems class method)
from_finalconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_fmt() (dpdata.system.System method)
from_fmt_obj() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_gaussian_log() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_gaussian_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_gro() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_gromacs_gro() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_labeled_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.abacus.AbacusMDFormat method)
(dpdata.plugins.abacus.AbacusSCFFormat method)
(dpdata.plugins.amber.AmberMDFormat method)
(dpdata.plugins.amber.SQMOutFormat method)
(dpdata.plugins.ase.ASEStructureFormat method)
(dpdata.plugins.cp2k.CP2KAIMDOutputFormat method)
(dpdata.plugins.cp2k.CP2KOutputFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDCompFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDHDF5Format method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDRawFormat method)
(dpdata.plugins.fhi_aims.FhiMDFormat method)
(dpdata.plugins.fhi_aims.FhiSCFFormat method)
(dpdata.plugins.gaussian.GaussianLogFormat method)
(dpdata.plugins.gaussian.GaussianMDFormat method)
(dpdata.plugins.pwmat.PwmatOutputFormat method)
(dpdata.plugins.qe.QECPPWSCFFormat method)
(dpdata.plugins.qe.QECPTrajFormat method)
(dpdata.plugins.siesta.SiestaAIMDOutputFormat method)
(dpdata.plugins.siesta.SiestaOutputFormat method)
(dpdata.plugins.vasp.VASPOutcarFormat method)
(dpdata.plugins.vasp.VASPXMLFormat method)
(dpdata.plugins.xyz.QuipGapXYZFormat method)
from_lammps_dump() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_lammps_lmp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_list() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_lmp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_mlmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_mol() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_mol_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_movement() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_multi_systems() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.ase.ASEStructureFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDHDF5Format method)
(dpdata.plugins.xyz.QuipGapXYZFormat method)
from_outcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_poscar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pwmat_atomconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pwmat_finalconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pwmat_mlmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pwmat_movement() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pwmat_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pymatgen_computedstructureentry() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pymatgen_molecule() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_pymatgen_structure() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_qe_cp_traj() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_qe_pw_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_quip_gap_xyz() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_quip_gap_xyz_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_sdf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_sdf_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_siesta_aiMD_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
from_siesta_aimd_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
from_siesta_aiMD_output() (dpdata.system.MultiSystems method)
from_siesta_aimd_output() (dpdata.system.MultiSystems method)
from_siesta_aiMD_output() (dpdata.system.System method)
from_siesta_aimd_output() (dpdata.system.System method)
from_siesta_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_sqm_in() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_sqm_out() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.amber.AmberMDFormat method)
(dpdata.plugins.amber.SQMOutFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDCompFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDHDF5Format method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDRawFormat method)
(dpdata.plugins.gromacs.GromacsGroFormat method)
(dpdata.plugins.lammps.LAMMPSDumpFormat method)
(dpdata.plugins.lammps.LAMMPSLmpFormat method)
(dpdata.plugins.pwmat.PwmatAtomconfigFormat method)
(dpdata.plugins.pymatgen.PyMatgenMoleculeFormat method)
(dpdata.plugins.qe.QECPTrajFormat method)
(dpdata.plugins.siesta.SiestaAIMDOutputFormat method)
(dpdata.plugins.siesta.SiestaOutputFormat method)
(dpdata.plugins.vasp.VASPPoscarFormat method)
from_system_data() (in module dpdata.gromacs.gro)
(in module dpdata.lammps.lmp)
(in module dpdata.pwmat.atomconfig)
(in module dpdata.vasp.poscar)
from_vasp_contcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_vasp_outcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_vasp_poscar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_vasp_string() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_vasp_xml() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_xml() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_xyz() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
from_Z() (dpdata.periodic_table.Element class method)
G
GaussianLogFormat (class in dpdata.plugins.gaussian)
GaussianMDFormat (class in dpdata.plugins.gaussian)
get_aiMD_frame() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
get_atom_name() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
get_atom_names() (dpdata.system.System method)
get_atom_numbs() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
get_atom_perturb_vector() (in module dpdata.system)
get_atom_types() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
get_atoms() (in module dpdata.lammps.lmp)
get_atype() (in module dpdata.lammps.dump)
(in module dpdata.lammps.lmp)
get_block() (in module dpdata.qe.scf)
get_cell() (in module dpdata.qe.scf)
get_cell_perturb_matrix() (in module dpdata.system)
get_cls_name() (in module dpdata.system)
get_coords() (in module dpdata.qe.scf)
get_coordtype_and_scalefactor() (in module dpdata.lammps.dump)
get_dumpbox() (in module dpdata.lammps.dump)
get_energy() (in module dpdata.qe.scf)
get_fhi_aims_block() (in module dpdata.fhi_aims.output)
get_force() (in module dpdata.qe.scf)
get_formats() (dpdata.format.Format static method)
get_frame() (in module dpdata.qe.scf)
get_frames() (in module dpdata.cp2k.output)
(in module dpdata.fhi_aims.output)
(in module dpdata.pwmat.movement)
(in module dpdata.vasp.outcar)
get_from_methods() (dpdata.format.Format static method)
get_info() (in module dpdata.fhi_aims.output)
get_lmpbox() (in module dpdata.lammps.lmp)
get_log_block_generator() (dpdata.cp2k.output.Cp2kSystems method)
get_movement_block() (in module dpdata.pwmat.movement)
get_natoms() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.lammps.dump)
(in module dpdata.lammps.lmp)
get_natoms_vec() (in module dpdata.lammps.dump)
(in module dpdata.lammps.lmp)
get_natomtypes() (in module dpdata.lammps.dump)
(in module dpdata.lammps.lmp)
get_nframes() (dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
get_outcar_block() (in module dpdata.vasp.outcar)
get_plugin() (dpdata.plugin.Plugin method)
get_posi() (in module dpdata.lammps.lmp)
get_single_line_tail() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
get_stress() (in module dpdata.qe.scf)
get_to_methods() (dpdata.format.Format static method)
get_varray() (in module dpdata.vasp.xml)
get_virial() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
(in module dpdata.siesta.output)
get_xyz_block_generator() (dpdata.cp2k.output.Cp2kSystems method)
GromacsGroFormat (class in dpdata.plugins.gromacs)
H
handle_single_log_frame() (dpdata.cp2k.output.Cp2kSystems method)
handle_single_xyz_frame() (dpdata.cp2k.output.Cp2kSystems method)
has_virial() (dpdata.system.LabeledSystem method)
L
LabeledSystem (class in dpdata.system)
LAMMPSDumpFormat (class in dpdata.plugins.lammps)
LAMMPSLmpFormat (class in dpdata.plugins.lammps)
LengthConversion (class in dpdata.unit)
ListFormat (class in dpdata.plugins.list)
lmpbox2box() (in module dpdata.lammps.lmp)
load() (dpdata.system.System static method)
load_atom_names() (in module dpdata.qe.traj)
load_atom_types() (in module dpdata.qe.traj)
load_block() (in module dpdata.qe.traj)
load_cell_parameters() (in module dpdata.qe.traj)
load_celldm() (in module dpdata.qe.traj)
load_data() (in module dpdata.qe.traj)
load_energy() (in module dpdata.qe.traj)
load_file() (in module dpdata.lammps.dump)
load_format() (in module dpdata.system)
load_key() (in module dpdata.qe.traj)
load_param_file() (in module dpdata.amber.mask)
(in module dpdata.qe.traj)
load_systems_from_file() (dpdata.system.MultiSystems method)
load_type() (in module dpdata.deepmd.raw)
M
make_sqm_in() (in module dpdata.amber.sqm)
map_atom_types() (dpdata.system.System method)
mass (dpdata.periodic_table.Element property)
module
dpdata
dpdata.amber
dpdata.amber.mask
dpdata.amber.md
dpdata.amber.sqm
dpdata.cli
dpdata.cp2k
dpdata.cp2k.cell
dpdata.cp2k.output
dpdata.deepmd
dpdata.deepmd.comp
dpdata.deepmd.hdf5
dpdata.deepmd.raw
dpdata.fhi_aims
dpdata.fhi_aims.output
dpdata.format
dpdata.gaussian
dpdata.gaussian.log
dpdata.gromacs
dpdata.gromacs.gro
dpdata.lammps
dpdata.lammps.dump
dpdata.lammps.lmp
dpdata.md
dpdata.md.msd
dpdata.md.pbc
dpdata.md.rdf
dpdata.md.water
dpdata.periodic_table
dpdata.plugin
dpdata.plugins
dpdata.plugins.abacus
dpdata.plugins.amber
dpdata.plugins.ase
dpdata.plugins.cp2k
dpdata.plugins.deepmd
dpdata.plugins.fhi_aims
dpdata.plugins.gaussian
dpdata.plugins.gromacs
dpdata.plugins.lammps
dpdata.plugins.list
dpdata.plugins.pwmat
dpdata.plugins.pymatgen
dpdata.plugins.qe
dpdata.plugins.rdkit
dpdata.plugins.siesta
dpdata.plugins.vasp
dpdata.plugins.xyz
dpdata.pwmat
dpdata.pwmat.atomconfig
dpdata.pwmat.movement
dpdata.pymatgen
dpdata.pymatgen.molecule
dpdata.qe
dpdata.qe.scf
dpdata.qe.traj
dpdata.rdkit
dpdata.rdkit.utils
dpdata.siesta
dpdata.siesta.aiMD_output
dpdata.siesta.output
dpdata.system
dpdata.unit
dpdata.utils
dpdata.vasp
dpdata.vasp.outcar
dpdata.vasp.poscar
dpdata.vasp.xml
mol_to_system_data() (in module dpdata.rdkit.utils)
MolFormat (class in dpdata.plugins.rdkit)
msd() (in module dpdata.md.msd)
MultiMode (dpdata.format.Format attribute)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDCompFormat attribute)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDRawFormat attribute)
MultiSystems (class in dpdata.system)
N
name (dpdata.periodic_table.Element property)
nopbc (dpdata.system.System property)
NotImplemented (dpdata.format.Format.MultiModes attribute)
O
obtain_frame() (in module dpdata.siesta.output)
obtain_nframe() (in module dpdata.siesta.aiMD_output)
P
parse_sqm_out() (in module dpdata.amber.sqm)
pbc_coords() (in module dpdata.md.water)
perturb() (dpdata.system.System method)
pick_atom_idx() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
pick_by_amber_mask() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.amber.mask)
Plugin (class in dpdata.plugin)
posi_diff() (in module dpdata.md.pbc)
posi_shift() (in module dpdata.md.pbc)
post() (dpdata.format.Format static method)
post_funcs (dpdata.system.LabeledSystem attribute)
(dpdata.system.System attribute)
predict() (dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
PressureConversion (class in dpdata.unit)
PwmatAtomconfigFormat (class in dpdata.plugins.pwmat)
PwmatOutputFormat (class in dpdata.plugins.pwmat)
PyMatgenCSEFormat (class in dpdata.plugins.pymatgen)
PyMatgenMoleculeFormat (class in dpdata.plugins.pymatgen)
PyMatgenStructureFormat (class in dpdata.plugins.pymatgen)
Q
QECPPWSCFFormat (class in dpdata.plugins.qe)
QECPTrajFormat (class in dpdata.plugins.qe)
QuipGapXYZFormat (class in dpdata.plugins.xyz)
R
radius (dpdata.periodic_table.Element property)
rdf() (in module dpdata.md.rdf)
read_amber_traj() (in module dpdata.amber.md)
register() (dpdata.format.Format static method)
(dpdata.plugin.Plugin method)
register_from() (dpdata.format.Format static method)
register_to() (dpdata.format.Format static method)
remove_atom_names() (dpdata.system.System method)
remove_pbc() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.utils)
replace() (dpdata.system.System method)
replicate() (dpdata.system.System method)
rot_frame_lower_triangular() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.System method)
rot_lower_triangular() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.System method)
S
safe_get_posi() (in module dpdata.lammps.dump)
SdfFormat (class in dpdata.plugins.rdkit)
set_value() (dpdata.unit.Conversion method)
shuffle() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.System method)
SiestaAIMDOutputFormat (class in dpdata.plugins.siesta)
SiestaOutputFormat (class in dpdata.plugins.siesta)
sort_atom_names() (dpdata.system.System method)
(in module dpdata.utils)
sort_atom_types() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.System method)
split_traj() (in module dpdata.lammps.dump)
SQMINFormat (class in dpdata.plugins.amber)
SQMOutFormat (class in dpdata.plugins.amber)
sub_system() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.System method)
System (class in dpdata.system)
system_data() (in module dpdata.lammps.dump)
(in module dpdata.lammps.lmp)
system_data_to_mol() (in module dpdata.rdkit.utils)
system_info() (in module dpdata.pwmat.movement)
(in module dpdata.vasp.outcar)
system_pbc_shift() (in module dpdata.md.pbc)
T
to() (dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_lcao_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_lcao_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_pw_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_pw_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_abacus_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_amber_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_ase_structure() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_atomconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_bond_order_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.rdkit.MolFormat method)
(dpdata.plugins.rdkit.SdfFormat method)
to_contcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_cp2k_aimd_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_cp2k_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_deepmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_deepmd_comp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_deepmd_hdf5() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_deepmd_npy() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_deepmd_raw() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_dump() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_fhi_aims_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_fhi_aims_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_fhi_aims_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_finalconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_fmt_obj() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_gaussian_log() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_gaussian_md() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_gro() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_gromacs_gro() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_labeled_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.ase.ASEStructureFormat method)
(dpdata.plugins.pymatgen.PyMatgenCSEFormat method)
to_lammps_dump() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_lammps_lmp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_list() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_lmp() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_mlmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_mol() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_mol_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_movement() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_multi_systems() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDHDF5Format method)
to_outcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_poscar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pwmat_atomconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pwmat_finalconfig() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pwmat_mlmd() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pwmat_movement() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pwmat_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pymatgen_ComputedStructureEntry() (dpdata.system.LabeledSystem method)
to_pymatgen_computedstructureentry() (dpdata.system.LabeledSystem method)
to_pymatgen_ComputedStructureEntry() (dpdata.system.MultiSystems method)
to_pymatgen_computedstructureentry() (dpdata.system.MultiSystems method)
to_pymatgen_ComputedStructureEntry() (dpdata.system.System method)
to_pymatgen_computedstructureentry() (dpdata.system.System method)
to_pymatgen_molecule() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_pymatgen_structure() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_qe_cp_traj() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_qe_pw_scf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_quip_gap_xyz() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_quip_gap_xyz_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_sdf() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_sdf_file() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_siesta_aimd_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_siesta_output() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_sqm_in() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_sqm_out() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_system() (dpdata.format.Format method)
(dpdata.plugins.amber.SQMINFormat method)
(dpdata.plugins.ase.ASEStructureFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDCompFormat method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDHDF5Format method)
(dpdata.plugins.deepmd.DeePMDRawFormat method)
(dpdata.plugins.gromacs.GromacsGroFormat method)
(dpdata.plugins.lammps.LAMMPSLmpFormat method)
(dpdata.plugins.list.ListFormat method)
(dpdata.plugins.pwmat.PwmatAtomconfigFormat method)
(dpdata.plugins.pymatgen.PyMatgenMoleculeFormat method)
(dpdata.plugins.pymatgen.PyMatgenStructureFormat method)
(dpdata.plugins.vasp.VASPPoscarFormat method)
(dpdata.plugins.vasp.VASPStringFormat method)
(dpdata.plugins.xyz.XYZFormat method)
to_system_data() (in module dpdata.deepmd.comp)
(in module dpdata.deepmd.hdf5)
(in module dpdata.deepmd.raw)
(in module dpdata.gaussian.log)
(in module dpdata.lammps.lmp)
(in module dpdata.pwmat.atomconfig)
(in module dpdata.pymatgen.molecule)
(in module dpdata.qe.traj)
(in module dpdata.vasp.poscar)
to_system_label() (in module dpdata.qe.traj)
to_vasp_contcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_vasp_outcar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_vasp_poscar() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_vasp_string() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_vasp_xml() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_xml() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
to_xyz() (dpdata.system.LabeledSystem method)
(dpdata.system.MultiSystems method)
(dpdata.system.System method)
U
uniq_atom_names() (in module dpdata.utils)
uniq_formula (dpdata.system.System property)
V
value() (dpdata.unit.Conversion method)
VASPOutcarFormat (class in dpdata.plugins.vasp)
VASPPoscarFormat (class in dpdata.plugins.vasp)
VASPStringFormat (class in dpdata.plugins.vasp)
VASPXMLFormat (class in dpdata.plugins.vasp)
X
X (dpdata.periodic_table.Element property)
XYZFormat (class in dpdata.plugins.xyz)
Z
Z (dpdata.periodic_table.Element property)
Read the Docs
v: master
Versions
master
latest
stable
Downloads
pdf
html
epub
On Read the Docs
Project Home
Builds