dpgen.data package

Subpackages

• dpgen.data.tools package
  • Submodules
  • dpgen.data.tools.bcc module
    • gen_box()
    • numb_atoms()
    • poscar_unit()
  • dpgen.data.tools.cessp2force_lin module
    • Parser()
    • get_outcar_files()
    • process_outcar_file_v5_dev()
    • scan_outcar_file()
    • uniq()
  • dpgen.data.tools.create_random_disturb module
    • RandomDisturbParser()
    • create_disturbs_abacus_dev()
    • create_disturbs_ase()
    • create_disturbs_ase_dev()
    • create_disturbs_atomsk()
    • create_random_alloys()
    • gen_random_disturb()
    • gen_random_emat()
    • random_range()
  • dpgen.data.tools.diamond module
    • gen_box()
    • numb_atoms()
    • poscar_unit()
  • dpgen.data.tools.fcc module
    • gen_box()
    • numb_atoms()
    • poscar_unit()
  • dpgen.data.tools.hcp module
    • gen_box()
    • numb_atoms()
    • poscar_unit()
  • dpgen.data.tools.io_lammps module
    • ase2lammpsdata()
    • car2dir()
    • convert_cell()
    • convert_forces()
    • convert_positions()
    • convert_stress()
    • dir2car()
    • get_atoms_ntypes()
    • get_typeid()
    • is_upper_triangular()
    • set_atoms_typeids()
    • set_atoms_typeids_with_atomic_numbers()
    • stress6_to_stress9()
    • stress9_to_stress6()
  • dpgen.data.tools.ovito_file_convert module
  • dpgen.data.tools.poscar_copy module
  • dpgen.data.tools.sc module
    • gen_box()
    • numb_atoms()
    • poscar_unit()

Submodules

dpgen.data.arginfo module

dpgen.data.arginfo.init_bulk_abacus_args() → list[Argument]

dpgen.data.arginfo.init_bulk_jdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_bulk jdata.

Returns:

Argument

dpgen init_bulk jdata arginfo

dpgen.data.arginfo.init_bulk_mdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_bulk mdata.

Returns:

Argument

arginfo

dpgen.data.arginfo.init_bulk_variant_type_args() → list[Variant]

dpgen.data.arginfo.init_bulk_vasp_args() → list[Argument]

dpgen.data.arginfo.init_reaction_jdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_reaction jdata.

Returns:

Argument

dpgen init_reaction jdata arginfo

dpgen.data.arginfo.init_reaction_mdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_reaction mdata.

Returns:

Argument

arginfo

dpgen.data.arginfo.init_surf_jdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_surf jdata.

Returns:

Argument

dpgen init_surf jdata arginfo

dpgen.data.arginfo.init_surf_mdata_arginfo() → Argument

Generate arginfo for dpgen init_surf mdata.

Returns:

Argument

arginfo

dpgen.data.gen module

dpgen.data.gen.class_cell_type(jdata)

dpgen.data.gen.coll_abacus_md(jdata)

dpgen.data.gen.coll_vasp_md(jdata)

dpgen.data.gen.create_path(path, back=False)

dpgen.data.gen.gen_init_bulk(args)

dpgen.data.gen.make_abacus_md(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.make_abacus_relax(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.make_combines(dim, natoms)

dpgen.data.gen.make_scale(jdata)

dpgen.data.gen.make_scale_ABACUS(jdata)

dpgen.data.gen.make_super_cell(jdata)

dpgen.data.gen.make_super_cell_ABACUS(jdata, stru_data)

dpgen.data.gen.make_super_cell_STRU(jdata)

dpgen.data.gen.make_super_cell_poscar(jdata)

dpgen.data.gen.make_unit_cell(jdata)

dpgen.data.gen.make_unit_cell_ABACUS(jdata)

dpgen.data.gen.make_vasp_md(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.make_vasp_relax(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.out_dir_name(jdata)

dpgen.data.gen.pert_scaled(jdata)

dpgen.data.gen.place_element(jdata)

dpgen.data.gen.place_element_ABACUS(jdata, supercell_stru)

dpgen.data.gen.poscar_ele(poscar_in, poscar_out, eles, natoms)

dpgen.data.gen.poscar_natoms(lines)

dpgen.data.gen.poscar_scale(poscar_in, poscar_out, scale)

dpgen.data.gen.poscar_scale_abacus(poscar_in, poscar_out, scale, jdata)

dpgen.data.gen.poscar_scale_cartesian(str_in, scale)

dpgen.data.gen.poscar_scale_direct(str_in, scale)

dpgen.data.gen.poscar_shuffle(poscar_in, poscar_out)

dpgen.data.gen.replace(file_name, pattern, subst)

dpgen.data.gen.run_abacus_md(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.run_abacus_relax(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.run_vasp_md(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.run_vasp_relax(jdata, mdata)

dpgen.data.gen.shuffle_stru_data(supercell_stru)

dpgen.data.gen.stru_ele(supercell_stru, stru_out, eles, natoms, jdata, path_work)

dpgen.data.reaction module

input: trajectory 00: ReaxFF MD (lammps) 01: build dataset (mddatasetbuilder) 02: fp (gaussian) 03: convert to deepmd data output: data.

dpgen.data.reaction.convert_data(jdata)

dpgen.data.reaction.gen_init_reaction(args)

dpgen.data.reaction.link_fp_input()

dpgen.data.reaction.link_reaxff(jdata)

dpgen.data.reaction.link_trj(jdata)

Link lammpstrj.

dpgen.data.reaction.make_lmp(jdata)

dpgen.data.reaction.run_build_dataset(jdata, mdata, log_file='build_log')

dpgen.data.reaction.run_fp(jdata, mdata, log_file='output', forward_common_files=[])

dpgen.data.reaction.run_reaxff(jdata, mdata, log_file='reaxff_log')

dpgen.data.surf module

dpgen.data.surf.class_cell_type(jdata)

dpgen.data.surf.create_path(path)

dpgen.data.surf.gen_init_surf(args)

dpgen.data.surf.make_combines(dim, natoms)

dpgen.data.surf.make_scale(jdata)

dpgen.data.surf.make_super_cell_pymatgen(jdata)

dpgen.data.surf.make_unit_cell(jdata)

dpgen.data.surf.make_vasp_relax(jdata)

dpgen.data.surf.out_dir_name(jdata)

dpgen.data.surf.pert_scaled(jdata)

dpgen.data.surf.place_element(jdata)

dpgen.data.surf.poscar_ele(poscar_in, poscar_out, eles, natoms)

dpgen.data.surf.poscar_elong(poscar_in, poscar_out, elong, shift_center=True)

dpgen.data.surf.poscar_natoms(poscar_in)

dpgen.data.surf.poscar_scale(poscar_in, poscar_out, scale)

dpgen.data.surf.poscar_scale_cartesian(str_in, scale)

dpgen.data.surf.poscar_scale_direct(str_in, scale)

dpgen.data.surf.poscar_shuffle(poscar_in, poscar_out)

dpgen.data.surf.replace(file_name, pattern, subst)

dpgen.data.surf.run_vasp_relax(jdata, mdata)